Cette chauve-souris vit en colonies de plusieurs dizaines d'individus. En période estivale, on la trouve dans les fentes des troncs, sous les ponts ou dans les combles. En hiver, elle va se réfugier dans les grottes ou les caves. Ce mammifère des bois chasse à une altitude maximale de 4 mètres. Son vol est lent. Le murin de Natterer peut vivre jusqu'à 16 ans.