Des ossements découverts dans les campements de chasseurs magdaléniens des bords du lac de Neuchâtel prouvent que le bouquetin vivait dans le Jura il y a environ 13'000 ans. Il s'est toutefois retiré dans les Alpes à la fin du Paléolithique, suite au réchauffement du climat et à l'élévation de la limite supérieure de la forêt. C'est donc bien un animal de chez nous.